Pozytywna decyzja o przyznaniu dotacji następnie podpisana umowa to dla przedsiębiorstwa niewątpliwie sukces, lecz to jedynie cześć drogi dla faktycznego otrzymania dotacji na rachunek bankowy. W dalszej kolejności projekt trzeba zrealizować, a koszty związane z jego realizacja prawidłowo rozliczyć i złożyć stosowne sprawozdania w Instytucji Zarządzającej .

Instytucje Zarządzające poszczególnymi programami dotacyjnymi chcą mieć kontrole nad prawidłowym wydatkowaniem przyznanych środków. Podczas rozliczenia projektu należy w odpowiedni sposób udokumentować zakupu i amortyzacji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych, koszty zakupu materiałów oraz koszty personelu.

Generalnie rozliczenie projektu jest elementem sprawiającym najwięcej trudności, a błędy na tym etapie mogą skutkować zmniejszeniem dotacji. Najczęściej realizacji projektu nie odbywa się w sposób przedstawiony we wniosku. Od momenty złożenia wniosku o dofinasowanie, do czasu rozpoczęcie realizacji projektu mija zwykle ponad 12 miesięcy. Zmieniają się warunki rynkowe, ceny produktów, pojawiają się nowe wiedza i zmienia się sytuacja gospodarcza.

Rozliczanie projektu nie musi być trudne pod warunkiem zachowania stosowanych procedur. Nie mnie jednak procedury te też ulegają modyfikacja w ciągu trwania projektu.

Dalego rozlicznie projektu w oparciu o obowiązujące procedury i ich stały monitoring minimalizuje ryzyko utraty części dotacji